Ернст Флісс народився 9 січня 1877 року в Ґрос-Зальце, походив з давньої єврейської родини. Його батьками були Густав Флісс і Генрієтта, уроджена Флісс. У сім'ї було кілька дітей, у тому числі Ернст і його брат Артур. Сім'я Флісс жила в Грос-Зальце з першої половини 19-го століття.
Ернст Флісс відвідував гімназію в Шенебеку, а потім вивчав право. 1906 року він був прийнятий до адвокатури і спочатку керував своєю юридичною фірмою на Вікторіаштрассе, 1, а згодом на Альте Ульріхштрассе, 8. Ернст Флісс був тяжко поранений під час Першої світової війни. Після війни він продовжував жити і працювати на вулиці Альте Ульріхштрассе, 8.
14 червня 1919 року Ернст Флісс одружується з Гедвіґою Ельсбет Канцлер, протестанткою з Магдебурга. Шлюб залишається бездітним. Після війни Ернст Флісс спочатку працював лише адвокатом, але з 28 травня 1920 року був допущений до роботи в якості нотаріуса. Спільна адвокатська контора знаходиться за адресою Отто-фон-Геріке-штрассе, 18 і управляється разом з адвокатами д-ром Мартіном Коном та Вільямом Е. Спаньєром.
Незважаючи на переслідування націонал-соціалістів, Ернст Флісс спочатку зберіг ліцензію на адвокатську практику, в той час як його колега д-р Кон був позбавлений адвокатської ліцензії. У 1934 році проти Флісса і д-ра Бадта було порушено справу про виключення з адвокатської професії. Процес закінчився доганою і штрафом для Флісса. Незважаючи на подальшу дискримінацію, він продовжив адвокатську практику.
У 1935 році Ернста Флісса звільняють з посади нотаріуса. Після судової справи проти адвоката доктора Кульмея його засуджують до дев'яти місяців ув'язнення за "завідомо неправдиві свідчення та наклеп на адвоката Кульмея". Це наближає його до фізичного та психологічного виснаження. 29 січня 1936 року Ернст Флісс вирішив накласти на себе руки. Його знаходять отруєним у власній квартирі.