Эрнст Флисс родился 9 января 1877 года в Грос-Зальце и происходил из давно укоренившейся еврейской династии. Его родителями были Густав Флисс и Генриетта, урожденная Флихс. В семье было несколько детей, в том числе Эрнст и его брат Артур. Семья Флисс жила в Грос-Зальце с первой половины XIX века.
Эрнст Флисс посещал гимназию в Шенебеке, затем изучал право. В 1906 году он был принят в адвокатуру и сначала вел адвокатскую контору на Викториаштрассе, 1, а затем на Альте Ульрихштрассе, 8. Во время Первой мировой войны Эрнст Флисс был тяжело ранен. После войны он продолжал жить и работать по адресу Альте Ульрихштрассе, 8.
14 июня 1919 года Эрнст Флисс женится на Хедвиг Эльсбет Канцлер, протестантке из Магдебурга. Брак остается бездетным. После войны Эрнст Флисс сначала работал только адвокатом, но с 28 мая 1920 года был принят и в нотариусы. Совместная адвокатская контора находится по адресу Отто-фон-Герике-штрассе, 18 и управляется вместе с адвокатами доктором Мартином Коном и Уильямом Э. Шпаньером.
Несмотря на преследования национал-социалистов, Эрнст Флисс первоначально сохранил лицензию на адвокатскую практику, в то время как его коллега доктор Кон был лишен лицензии. В 1934 году против Флисса и доктора Бадта было возбуждено дело об исключении из адвокатской профессии. Разбирательство закончилось для Флисса выговором и штрафом. Несмотря на дальнейшую дискриминацию, он продолжал заниматься адвокатской практикой.
В 1935 году Эрнста Флисса увольняют с должности нотариуса. После судебного процесса против адвоката доктора Кульми он приговаривается к девяти месяцам тюрьмы за "заведомо ложные заявления и клевету на адвоката Кульми". Это приводит его к физическому и психологическому концу. 29 января 1936 года Эрнст Флисс решил покончить с собой. Его находят отравленным в своей квартире.